Научен проект по биоинформатика, подкрепен от ФНИ, разкрива нова технология за откриване на антибиотици

Share on facebook
Share on twitter
Share on linkedin
Share on email


Проф. Роберт Пенчовски изнася лекция за автоматизирано селекция на ДНК в каскадни микрофлуидни камери на конференцията DNA7, USF, Тампа, Флорида, САЩ

 

Проектът е с ръководител проф. Роберт Пенчовски от Биологическия факултет на СУ „Св. Кл. Охридски“ и е подкрепен от Фонд „Научни изследвания“към МОН

 

Успешно завършиха дейностите по проект „Дизайн и експериментално валидиране на химерни антисенс олигонуклеотиди като антибактериални агенти“ (договор ДН13/14/20.12.2017 г. с ФНИ). Проектът има за цел да създаде антисенс олигонуклеотиди, които се  свързват директно и регулират функцията на рибопревключватели в бактериален патоген. Рибопревключвателите са структурирани РНК домейни, които обикновено се намират в 5′-нетранслираната област на информационни РНКи, които директно свързват специфични метаболити. Те служат като логически елементи, регулиращи генната експресия. В резултат на това рибопревключвателите позволяват на иРНК да регулират експресията си без нужда от каквито и да е регулаторни протеини. Ако те се инхибират, то тогава основни метаболити за бактериите няма да бъдат синтезирани от клетката или транспортирани в клетката от извънклетъчния матрикс. Резултатът е от това е например смъртта на Staphylococcus aureus. Антисенс олигонуклеотидите показват бактериостатичен ефект и могат да бъдат тествани като нови антибактериални средства в бактериални изолати.


РЕКЛАМА:

***

Въз основа на тези фундаментални познания ние разработихме антисенс олигонуклеотиди, които инхибират растежа на човешки патогенни бактерии като Staphylococcus aureus in vitro. Тези резултати представляват нова технология за откриване на антибиотици, използвайки нови молекулни мишени и нови молекулни инструменти, което е значително развитие във времена на нарастваща резистентност към антибактериални лекарства. Освен това по време на проекта са разработени 15 биоинформатични компютърни програми и една база данни за бактериален рибопревключватели, които са свободно достъпни на https://penchovsky.atwebpages.com/applications.php.

Ресултатите на проекта са публикувани в 20 публикации (с импакт фактор 56 точки и Q1-4 от 254, и 86 цитата до момента), участие в 3 конференции с 2 презентации и 4 постера, изработени 16 бр. на софтуер, 4 д.т.н. и 1 магистър – всички дипломирани са със солиден ръководител проф. Роберт Пенчовски. Всички публикации имат като кореспондент и водещ автор проф. Роберт Пенчовски. Този грант за изследване е финансиран от 61 000 евро. За повече подробности посетете https://penchovsky.atwebpages.com/research.php?page=13 .

Ръководителят на проекта, Роберт Пенчовски, е професор по молекулярна генетика, синтетична биология и биоинформатика в Биологическия факултет на СУ „Св. Климент Охридски”, България, където получава магистърска степен по биохимия и молекулярна генетика и квалификационна степен по приложни компютърни науки. Той получава докторска степен по генетика от университета в Кьолн, Германия, докато работи за Фраунфофен в Санкт Аугустин (близо до Бон), Германия. Прави своето постдокторантско обучение по РНК биология и синтетична биология на РНК в Йейлския университет, Ню Хейвън, Коннектикут, САЩ. Освен това проф. Пенчовски е работил за кратки периоди като софтуерен инженер, биотехнологичен консултант и изследовател по молекулярна биология в Института по молекулярна биология в София, България, и в бившия Институт по молекулярна биотехнология в Йена, Германия (сега Институт Лайбниц за стареене в Джейн, Германия). 

Проф. Роберт Пенчовски е пионер в преподаването и изследванията по синтетична биология и биоинформатика в България. Публикациите му имат над 800 цитата, импакт фактор над 140 точки и h-индекс от 12 точки. Бил е ръководител на 15 изследователски проекта. В лабораторията на проф. Роберт Пенчовски са успешно защитили дисертациите си 16 магистри и 5 докторанти. Той е ръководител на няколко магистърски програми по генетика и геномика на български и английски език. За повече подробности посетете  https://penchovsky.atwebpages.com/index.php?page=16 .