Краят на XVI и началото на XVII в.
В икономическо отношение Германия се дели на две части: североизточна — земеделска и югозападна — промишлено-търговска, в която особено силно се чувствува икономическата криза, обхванала Райха. Градовете край Горен Дунав (например Аугсбург, Улм), търгуващи с Венеция, както и крайрейнските градове (Кьолн, Вермс) не издържат на нидерландската и английска промишлена и търговска конкуренция. В началото на XVII в. се разпада Ханзата. Хамбург, Бремен и Любек запазват още определено икономическо значение, но не могат да се сравняват с Амстердам и Лондон. Още при управлението на Карл V (1519—1556 г.) германските търговци поддържат отношения с американските колонии, но при отделянето на испанската корона от императорската (1556 г.) тези контакти угасват. В резултат на масовото обедняване и намаляване на доходите, князете в Райха секат все по-лоши монети, които населението отказва да приема. Търсенето на жито в Холандия, Англия и Испания създава в Германия условия за развитие на чифликчийско стопанство, опиращо се на селския труд под аренда. Феодалите изземват хубавите земи от селяните и ги включват в своите имения, а едновременно ги натоварват с все нови повинности (особено в Източна и частично в Северна Германия). Расте самостоятелността на князете, тяхното финансово положение се подобрява (загребват църковните имоти). Князете провеждат собствена политика, която преследва териториално разширение и утвърждаване на властта им чрез ограничаване на съсловните привилегии. Императорите от династията на Хабсбургите трябвало да се съобразяват с това, пък и те самите се нуждаели от парична помощ, за да защитават наследствените си владения (Австрия, Чехия, Унгария) от турците.

1526 г.
Чехия влиза в състава на империята, като наследствено владение на Хабсбургите. Запазва обаче автономия, собствен сейм, и чешкия език в учрежденията. Но Хабсбургите започват брутално да нарушават тези права. Виенското правителство се намесва пряко в администрацията на Чехия, изпраща германски чиновници; немската аристокрация изкупува чешките земи, а йезуитите се стараят по всякакъв начин да възстановят католицизма. На особено преследване и ограничение са подложени общините на т. нар. чешки братя, умерените представители на някогашните хусити, към които се числят многобройни представители на гражданите, отчасти на селячеството и на дребното рицарство. Чешкият сейм се свиква само с разрешение на императора и фактически загубва ръководното си значение. През 1547 г. в Чехия избухва въстание против императора. След потушаването му, автономните права на Чехия са срязани още повече.

1556—1576 г.
При управлението на наследниците на Карл V — Фердинанд I (1556—1564 г.) и Максимилиан II (1564—1576 г.) протестанството се разпространява в цяла Германия и Австрия. Засилва се и католическата реакция (контрареформация). Тя се опира преди всичко на Хабсбургите и баварските князе, заплашвайки позициите на протестантските князе в Райха.

1571 — 1630 г.
Йохан Кеплер, германски астроном, професор в университета в Грац, един от създателите на съвременната астрономия, откривател на трите основни закона за движението на планетите; изобретява телескоп.

1573 г.
Селско въстание под ръководството на М. Губец, обхванало Хърватия, Крайна и Щирия.

1576—1612 г.
Управление на император Рудолф II, възпитаник на йезуитите, които били негови съветници. Католическа реакция в Германия. Оформя се все по-голям антагонизъм между протестанти и католици. Католиците започват успешно да изтласкват протестантското влияние в крайрейнските области, дори да проникват в Северозападна Германия. Йезуитите обхващат с дейността си Чехия, но тяхна крепост става католическа Бавария.

1604—1606 г.
Антихабсбургско въстание в Унгария, водено от И. Бочкаи.

1608 г.
Протестантска (Евангелистка) отбранителна уния. За да се противопоставят на католическата реакция, протестантските князе образуват уния, начело с електора на Рейнския Палатинат — Фридрих. В унията влизат: хесенският ландграф, бранденбургският курфюрст, както и десетина императорски градове.

1609 г.
В отговор на създадената протестантска уния, католическите князе образуват отбранителен съюз под названието „католическа лига“, начело е баварския княз Максимилиан. Лигата е свързана с императора, е испанските Хабсбурги и с папата. Във военно отношение лигата се ръководи от опитния пълководец граф Тили. Вражеските отношения между двата лагера заплашвали с война още през 1610 г. За известно време тя е отложена, поради неочакваната смърт на френския крал Анри IV, на чиято помощ разчитали членовете на унията.

1609 г.
Поставен пред съпротивата на чешкия парламент Рудолф II признава религиозна свобода и съсловни привилегии на чешките съсловия. Те получават право да избират 30 защитници, главно на религиозните свободи. Тази отстъпка на Хабсбургите обаче се оказва кратковременна. Както император Рудолф II, така и неговият наследник император Матей (1612—1619 г.), продължават да ограничават правата на чехите. Същевременно икономическото положение на Чехия става все по-тежко. Търговията и промишлеността са в упадък, което било резултат не само на състоянието тогава в Средна и Източна Европа, но и на античешката политика на Хабсбургите. Политическият и религиозен гнет задълбочават кризата в Чехия.

1618—1620 г.
Първи период на Тридесетгодишната война — чешко-пфалцки период. В Прага избухва въстание (1618 г.). То е предизвикано от заповедта на императора за лишаване на протестантите от длъжности и от опасенията, че в случай, че почине император Матей властта може да премине в неговия родственик Фердинанд, възпитаник на йезуитите, известен с ненавистта си към друговерците. Чехите създават временно правителство от 30 директори, а за крал избират Фридрих, пфалцки курфюрст, ръководител на протестантската уния. Протестантските князе не предоставят очакваната помощ на чехите, а Фридрих, наричан подигравателно „зимният крал“ (управлява в Чехия една зима: 1619/1620 г.), се оказва изцяло неспособен владетел. Император Фердинанд II Хабсбург (1619—1637) искал да използва чешкото въстание, за да сломи надмощието на князете и да възстанови политическото и религиозното единство на Райха. На 8. XI. 1620 г. се стига до битка край Бяла Гура (в близост до Прага), където командуващият войските :на католическата лига граф Тили разбива кралската армия. Фридрих се скрива в Холандия. Пфалц е превзет от испанската армия (дошла в помощ на императора) и от войските на лигата. (През 1621 —1623 г. войските на протестанската уния са окончателно разбити). В Чехия започват да действат специални съдилища за съдене на водачите на въстанието; издадени са много смъртни присъди, наложени са високи глоби. Чешката аристокрация изгубва почти 3/4 от своите владения (конфискуваните са предадени на германците) В Чехия нахлуват чуждоземни. Германски чиновници заместват чешката администрация, а немският език става официален в учрежденията. Започва германизация на страната и унищожаване на чешката култура, системно ликвидиране на хуситската литература и архивните източници. За няколко века Чехия се превръща в покорена провинция. Фридрих е осъден на изгнание, а Пфалц заедно с електорското звание е даден на ръководителя на лигата Максимилиан, баварския княз.

1625—1629 г.
Втори период на Тридесетгодишната война — датски период. Срещу победата на императора и нарасналата мощ на Хабсбургите бързо реагират няколко държави от Западна Европа. През декември 1625 г. по инициатива на херцог Ришельо Англия, Холандия и Дания сключват съюз в защита на Фридрих срещу австрийските и испанските Хабсбурги. Датският крал Кристиян IV, субсидиран от Англия и Холандия, начело на армията навлиза в Германия и се съединява с протестантските войски на се верногерманските князе. Фердинанд II предава командването на своите войски в ръцете на понемчения чешки аристократ Албрехт Валенщайн, изтъкнат пълководец, който предоставя в разположение на императора и своята 30-хилядна, прекрасно обучена и дисциплинирала наемна армия. Граф Тили и Валенщайн разгромяват войските на протестантската уния и нанасят поражение на датския крал. През Шлезвиг, Валенщайн навлиза в Ютландия. През май 1629 г. Кристиан IV подписва мира в Любек. Възстановено е довоенното статукво. Датският крал се отказва от намеса във вътрешните работи иа Германия. Като награда за победата Валенщайн получава Мекленбур-ското херцогство.
Френската, английската и холандската дипломация се опитват да въвлекат Швеция във война срещу императора. На 6. III. 1629 г. императорът издават, нар. „Реституционен едикт“. Протестантските князе се задължават да върнат на църквата всички земи, заграбени след 1552 г.
През 1630 г. по искане на водачите на лигата, ненавиждащи Валенщайн, императорът налага оставката му и заповядва да се разпуане армията му.

1626 г.
Селска война в Горна Австрия.

1630—1633 г.
Трети период на Тридесетгодишната война — шведски период. Победата на Хабсбургите (1625—1629 г.) и поражението на протестантите обезпокояват Швеция, която бди над своето влияние в района на Балтика. На 4. VII. 1630 г. крал Густав Адолф II дебаркира с 13-хилядна армия в Померания. Новият враг на Хабсбургите получава парична субсидия от Ришельо. Страхувайки се от императора, протестантските князе запазват неутралитет. Густав Адолф обаче принуждава бранденбургският елактор и няколко по-дребни князе да му сътрудничат. Опожареният през май 1631 г. от войските на лигата Магдебург (за това, че се противопоставя на реституционния едикт от 1629 г.) става причина и саксонският електор да се присъедини към шве-дите. През 1631 г. (на 17. IX) Густав Адолф нанася на граф Тили страшно поражение край Брайтенфелд (около Лайпциг) и завзема значителна част от Средна и Южна Германия.
Императорът отново поверява командуването на Валенщайн. На 16. XI. 1632 г. Густав Адолф атакува Валенщайн край Лютцен, възпирайки неговата офанзива в Саксония. Битката завършва с победа на шведите, но Густав Адолф загива на бойното поле. Замисляйки планове за умиротворяване на Германия Валенщайн започва тайни преговори с протестантските князе и с шведите. Императорът го обявява за бунтовник, лишава го от командването и нарежда да го арестуват. На 25. II. 1634 г. Валенщайн е коварно убит в крепостта Хеб (Егер). На 6. IX. 1634 г. императорската армия нанася поражение на шведите при Ньордлинген, принуждавайки ги да се изтеглят от Южна Германия. На 30 май 1635 г. императорът сключва мирен договор в Прага със саксонския курфюрст, насочен против шведите. Към договора се присъединяват Бранденбург, повечето от протест, датските князе и много градове.

1635—1648 г.
Четвърти период на Тридесетгодишната война — френско-шведски период. Франция, която през 1635 г. е в състояние на война с испанските Хабсбурги, влиза във войната на страната на шведите. Нейни съюзници са: Холандия, Савоя, Венеция, Седмоградско (Трансилвания). В продължение на няколко години войната се води на територията на Германия, Испания, Белгия, Италия и по двата бряга на Рейн. Отначало поради не твърде трайния състав на коалицията и некоординираните действия, нита една от страните не може да получи надмощие. Едва в началото на 40-те години, вече след смъртта на Ришельо, победата клони на страната на Франция и Швеция. През 1643 г. французите, които спечелват първата голяма битка над испанците край Рокроа, превземат Елзас. През 1645 г. шведите разгромяват императорската армия близо до Янковице в Чехия. През 1648 г. обединената френско-шведска армия навлиза в Бавария. Император Фердинанд III, наследник на Фердинанд II, започва мирни преговори.

1646—1726 г.
Готфрид Вилхелм Лайбниц, германски философ, идеалист, математик, държавен деец. Един от създателите на диференциалното и интегралното смятане.
Автор на редица технически изобретения.

1648 г.
Вестфалски мир (в Оснабрюк е шведите и в Мюнстер с французите). Швеция получава Западна Померания с Шчечин и о. Рюген, гр. Висмар заедно с пристанището. Бременското и Верденското архиепископства, а с това и устията на големите реки: Одер, Елба и Везер, както и контрибуции в размер на 5 млн. талара. Франция получава Елзас (без Страсбург). Потвърден е и суверенитетът й върху Лотарингия (градовете Мец Тул и Вердюн). В Германия увеличава владенията си Бранденбург, към когото присъединяват част от Западна Померания, Магдебургското архиепископство и някои друпи области. Саксония получава Лужице, а Бавария — Горен Пфалц с титлата курфюрст. Синът на „зимния крал“ (1618—1620) получава Долен Палътинаг (Рейнскии) — като осмо елек торство. На князете в империята се признава правото да водят самостоятелна външна политика, с условие, че тя не е насочена срещу императора. Франция и Швеция стават гаранти на Вест-фалския мирен договор, което им дава възможност да се намесват вън вътрешните работи на Райхът.
Райхът загубва, като държава политическото си значение в Европа. Войната предизвиква застой в икономиката на Германия. Броят на населението намалява с 1/3 (например в Чехия от 3 млн. на 780 хил. души). Западат земеделието, занаятите и търговията. Всеобщото културно изоставане благоприятства появата и разпространението на суеверия и невежество. Тяхна, проява са процесите срещу вещиците. Вестфалският мирен договор признава „де юре“ като независими републики Швейцарския съюз и Холандия. Френско-испанската война завършва едва в 1659 г. с Пиринейския мир.