Автор: Яна Ненчева
Как минава работният процес на един образован ентусиаст, който е решил да се занимава с наука? Не използвам етикета “учен”, заради скромността на мнозина, макар за страничния наблюдател да звучи най-коректно.
Нека си представим нашия ентусиаст.
Ентусиастът си е легнал късно.
Цяла нощ се мятал насън. Сънувал е как се явява на изпит по биохимия за шести път.
Точно в 7:00 ведрата мелодия “Дарт Вейдър върви по коридора” от будилника спира агонията.
Малко преди кафето осъзнава, че е взел проклетия изпит още преди 9 години.
Малко след кафето осъзнава, че е минал около месец (+/- три) от последния неуспешен експеримент. Няма останали реактиви за още едно повторение, подкопаващо научно обоснованата му теория. Проблемът не е, че реактивите са трудни за направа. Трудни са за доставка. Едно от първите прозрения, до които този млад ентусиаст е достигнал е, че изолирането на един ген може да отнеме на чуждестранните му колаборатори професори по генно инженерство от два часа до три ДНИ, но поради високата специфика и административна разновидност на транспортните услуги, доставката отнема от два до три МЕСЕЦА.
Не че не би изчакал три месеца. Така или иначе се занимава с този научен проблем от 9 години. Опасява се обаче, че ще изпусне административните срокове на собствената си институция.
Затова и днес цял ден ще се рови в научни статии, за да открие защо по дяволите експериментът му не се е получил.
Всяка дипломна работа, всяка дисертация, всяка научна статия, нека обобщим: ВСЕКИ НАУЧЕН ТРУД, започва с представяне на глобалния проблем. Цитирайки различни литературни източници от колегията по цял свят, това не е просто демонстрация на прочетено количество книги. Не. Демонстрира се реално знание, вникване в проблема, подкрепа и уважение към чуждото дело. Представянето на научния труд не е просто отчет за изработена дейност. Това е ефективна комуникация, която води до реално решение на даден наболял обществен проблем.
Осъзнавайки важността на научния процес, български екип от млади IT специалисти създават напълно безплатен специализиран софтуер за хората от научните среди, наречен BioSeek (БиоСийк).
За да създадат адекватна многофункционална online търсачка, те я разработват съвместно с няколко учени, сред които е и проф. Румен Панков от Биологически факултет при СУ “Св. Климент Охридски”.
Два инструмента впечатляват още от пръв поглед: BioSeek Reader и BioSeek Browser Extension. Те довеждат аналитичната сила и познанието, съдържащо се в базата данни на платформата, до самостоятелен документ (включително в PDF формат), и до голям брой от най-важните и реномирани онлайн ресурси в областта, като списание Nature, Еlsevier, Science Magazine, и др. Софтуерът маркира директно в текста и извежда в странично поле на екрана всеки релевантен термин с цялата придружаваща го информация, налична в интернет пространството. Сега е моментът да си представим ужасяващото количество отворени интернет страници с непознати гени, белтъци и абревиатури на екрана на нашия ентусиаст, точно преди да заспи.
Самите BioSeek Reader и Browser Extension се свалят със свободен достъп от платформата: https://www.bioseek.eu/us/eng/research/reader.
За да опишем накратко преимуществото на търсачката, нека си представим как един биолог пише “АТФ” в Google и трепетно очаква да излезе информация за аденозинтрифосфат, но излиза сайтът на Авиационно-транспортния факултет.
Но когато влезе в сайтa на BioSeek https://www.bioseek.eu/ и напише в търсачката “ATP”, не само че ще излезе точно това, на което човек се надява, ами ще се появи и информация за всички свързан гени, медикаменти, заболявания, автори, университети, биохимични пътища и още какво ли не, събрано от PubMed, Kegg, UniProt и др.
Веднъж избран търсеният обект, се извежда информацията не само за свързаните с него статии, но и директно може да се оперира с цялата база данни за патенти, програми за финансиране и клинични проучвания.
Може да се разгледат графики с броя публикации във времето, които се показват автоматично и така информацията може да се използва в литературен обзор, като подкрепа на някакво твърдение. Ако ентусиастът пожелае, може да си избере конкретна година и да прегледа какви са били публикациите тогава.
Има възможност да се разгледа логаритмичната скала с броя цитати на статиите през годините и, без да се чуди много-много, ентусиастът да чукне с мишката върху най-цитираното кръгче. Вдясно на екрана ще излезе статията и ще може да си я изтегли, откъдето пожелае. BioSeek няма претенция и не желае чрез него да се изтегля съответната статия. Това е софтуер, улесняващ цялостното търсене.
Ентусиастът може да използва търсачката, за да получава количествен анализ за най-изследваните гени, организми, лекарства, процеси, заболявания и може да специфицира търсенето според нуждите.
Една от красивите функции е т.нар. Clustering, която визуално показва кои гени, заболявания и др. се засичат в една статия. Излишно е да се споменава колко е важно това и до какви неочаквани взаимовръзки може да доведе.
Директно може да се избират свързани новопоявили се обекти, от които ентусиастът би се заинтересувал, така че търсенето му да стане още по-селектирано.
Под всяка статия може да се намери нейна кратка характеристика, без да се налага допълнително отваряне. Изникват данни за цитирания, автори, програми за финансиране, патенти в различни етапи, гени, заболявания, медикаменти… Или с две думи: всичко необходимо, за да се прецени дали да се задръства папка “Downloads” на компютъра.
Дори има възможност да се наблюдава активността по даден проблем по университети, например в случая с дислексията. По-наситен цвят отговаря на повече публикации.
Една от забележителните функции, която обаче е в процес на обработка, е възможността за многокомпонентно търсене. Какво означава това?
Нека вземем за пример гена TP53, за който искаме да намерим свързани непознати за нас статии, заболявания и други гени. Буквално поставяме на полето на екрана гена и няколкото непознати елемента. Свързваме със стрелки всичко, както си поискаме. Пускаме търсачката и след известно време софтуерът ги пресява. След това решаваме да добавим неизвестно заболяване, свързваме и него към непознатите статии. Можем да добавяме елементи отново и отново. Истината е, че един ентусиаст може да си играе така, докато не се изчерпат данните, които отговарят на търсенето.
В случая, от стотици хиляди варианти за връзка с гена TP53, се е отсял един ген, отговарящ на всички критерии и това е генът myc307. Не може да се отрече, че има момент на изненада.
В хода на хвалбите не може да не споменем как от запаметените търсения, нашият ентусиаст директно може да си създава Mind maps, за да не забрави нещо, защото хване ли го творческият подем, както е започнал от няколко взаимовръзки, така и не е могъл да спре.
Други функции, за които е помислено са, че може да се получават известия за нови публикации, в които се споменават конкретни термини, на определен зададен период от време и без излишен спам, да се правят групи за обсъждания, да се изпращат директно статии без да се налага да се свалят и тепърва да се прикачват.
В разговора ни, Росен Генчев /Rossen Genchev/, изпълнителен директор на BioSeek /Био Сийк/, сподели още, че сред предстоящите подобрения на платформата е създаването на селективна търсачка и за медицинските специалисти. Целта е, ако един гастроентеролог се интересува и търси новости в областта, да не му излиза информация, която би била полезна за един лицево-челюстен хирург.
До няколко месеца BioSeek ще агрегира информация и за:
- протеин-протеинови взаимодействия (https://string-db.org/),
- химични реакции (https://www.genome.jp/kegg/reaction/),
- междумолекулни взаимодействия (http://smpdb.ca/)
- генна експресия (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/)
Без преувеличение може да се каже, че екипът на BioSeek доста сериозно се старае да улесни всички нюанси на този аспект от работния процес на един учен, така че ентусиазмът да не си остане просто на ниво безсъние.
За да се възползвате от всички функции на платформата, може да се регистрирате напълно безплатно на следния линк:
https://www.bioseek.eu/us/eng/research/home
Може да се резервира и час за демо:
Ако някой има нужда от помощ, това е линкът:
https://www.bioseek.eu/us/eng/research/help
А в блога може да прочетете повече детайли и за функционалностите: https://www.bioseek.eu/us/eng/research/blog
